布施収入には税金（所得税）がかからないのと、
境内地の土地・建物の固定資産税。それだけじゃないかな？
後者では、「宗教活動に要するもの」という要件がつくが。

お寺から住職など職員に対して支払われる給与には所得税がかかるし、
源泉徴収もするし、確定申告もする。
お寺で消費される物品にはもちろん消費税がかかる、
ガソリン税もかかるし、住職などは市民税などもちろん払う。
境内地で駐車場経営や、その他事業をしているならばそこにも税金はかかる。