確かに、ひと駅当たりの乗降客数が余りにも多いと >1 で言っているように乗降に時間がかかり、
停車時間が長くなるということがありますね。
東海道本線にせよ、常磐線にせよ、現在、２階建て車輛はグリーン車だけですし、
以前、常磐線で２階建て普通車を１両連結していた時も、上野発着はラッシュ時をはずしてましたから。

また、電車ではありませんが、アメリカのシカゴ近郊に２階建て客車があったと思います。
あれは「全員着席」できることを念頭に置いていると聞いたことがあります。
旧東ドイツにも通勤型（？）２階建て客車がありました。今はＤＢで使っているのかな？