試験センターより圧倒的上位機関である国土交通省大臣官房官庁営繕部がBルートとCルートを完全別扱いの資料を出している
http://www.mlit.go.jp/common/000219019.pdf

組織の上下関係はハッキリしている
国土交通省大臣官房官庁営繕部（上位）＞＞＞＞＞＞＞＞＞＞＞＞＞＞＞建築技術教育普及センター（下位）

法規6 枝1：耐火建築物の主要構造部は、耐火構造であるか、所定の技術的基準に適合するものであることについて耐火性能検証法により確かめられたものであることが求められている。
（この記載だと令108-3第1項第2号の大臣認定の選択肢が無くなるので誤り。）

結論
法規6 枝1が誤っている選択すべき枝であることが確定