そのコードを実行するとCRTCレジスタ $00 のbit.1 が 1に設定されてグラフィックが（パレット設定でテキストより前に設定した色以外）消えるで合っています？

とすると、グラフィックの前にカラーPCG表示して黒を含んだ枠でマスクするとか、グラフィックの背景の上に黒色を持つキャラクターをPCGで重ねるって用途には使えないですよね
（単色マスクなら単色PCGにすれば不透明の黒は使えるようですが）

黒を持つキャラをPCGで作ってグラフィック背景の上で動かすって難しいのでしょうか……？
出来そうな気もしますが、レジスタ一覧からは出来そうな設定が見つけられなくて ttp://www.maroon.dti.ne.jp/youkan/mz2500/ioframe.html