「火の七日間」と呼ばれる戦争で現代文明が滅んだおよそ千年後の世界。人類は人を死に追いやる瘴気を放つ森「腐海」と、「蟲」たちにおびえながら暮らしていた。ある夜、腐海のほとりにある平穏な地「風の谷」に軍事大国・トルメキアの輸送船が墜落する。墜落跡から火の七日間で使われた最終兵器「巨神兵」が発見される。巨大な蟲“王蟲”と心を通わせ、人間と自然の共生の道を探るナウシカは人間同士の争いに巻き込まれていく…。