ルパン三世が処刑された！検死の結果、遺体はルパンに間違いないと証明されたが、銭形警部は信じることができない。そんな銭形の前に死んだはずのルパンが現れる！華麗に空へ飛び去って行ったルパンは、次元や五ェ門と共にエジプトに出没。銭形の目の前で、ピラミッドに隠されていた“賢者の石”を盗み出していく。“賢者の石”をルパンにおねだりしたのは、もちろん不二子。不二子は謎の男・マモーと共に何かを企んでいて…！？