元アメリカ軍コマンドー部隊のリーダー、ジョン・メイトリックス大佐（アーノルド・シュワルツェネッガー）は、軍を退役し娘のジェニーと山荘で静かに暮らしていた。ある日、彼のもとにかつての上司カービー将軍（ジェームズ・オルソン）がやって来る。カービー将軍は、コマンドー部隊で部下だった者たちが次々に殺されていて、メイトリックスが次の標的かも知れないと告げ、護衛に２人の兵士を残し帰っていった。

その直後、謎の武装集団が山荘を襲撃し、娘のジェニーを連れ去ってしまう。必死に追うメイトリックスだったが、麻酔弾を撃ちこまれ捕まってしまう。彼が目覚めると、そこには南米の国バル・ベルデのアリアス元大統領（ダン・ヘダヤ）と、かつての戦友ベネット（バーノン・ウェルズ）がいた。コマンドー部隊の活躍で国を追われたアリアスは、メイトリックスの居所を突き止めるため元隊員たちを殺害。

アリアスは、メイトリックスに現大統領を暗殺させ、自分が大統領に返り咲こうと画策していた。暗殺指令に従わざるを得ないメイトリックスは、バル・ベルデ行きの飛行機に乗せられるが、離陸直後の飛行機から決死の脱出に成功する。メイトリックスはジェニーの居所を突き止めるため、まずは敵の手先のサリーの追跡を開始するが…。