大雑把に考えられるのは4つ

①クルタ虐殺は旅団の仕業で、その動機は緋の目
②クルタ虐殺は旅団の仕業で、その動機は怨恨
③クルタ虐殺は旅団以外の誰かの仕業で、その動機は緋の目
④クルタ虐殺は旅団以外の誰かの仕業で、その動機は怨恨

まず、④の可能性には皆あまり興味が無いだろうし、
②については「団長が気に入っていた」というウボの台詞から可能性が低い。
①ならばわざわざ旅団に共感させるエピソードを挿入しないだろうから、
つまりは③という事になるな。

旅団がクルタと交戦したのはその誰かに利用されたからで、
恐らく旅団自ら流星街の仕業と見せかける偽装をしたンだろうな、
世の中の小悪党を震え上がらせるために。
その上で流星街が誰かに恨まれることの無いよう、
「実は幻影旅団の仕業なんだ」
と読み解ける証拠を現場には残しておいた。

旅団がそういう集団なのだとしたら、
殺しても心が痛まないような誰かを常に探している筈だし、
クラピカが復讐する対象となるべき者(たち)は既に旅団が始末していると考えられる。