遠隔で霊視が出来ないので一般論だけど、

祭神が直接何かということはめったになく、ほとんどは神使・眷属が起こすこと
雨の音ということなので、祭神が水龍など水に関係する神さんなのでは？
学問の神なら天神さん？
眷属に雨に関する者がいるのかも

明らかに不可思議な事を起こすのは、神使眷属が良くやること