くだらん
慶應義塾大学の認可は大正6年2月6日に文部省告示第35号として発令されている。同日第36号で早稲田も認可された。これは官報第2251号でも確認できる。
https://dl.ndl.go.jp/pid/2954364/1/2

>>19 の写真は文部省ではなく東京府の資料だろう。これ自体は認可証でも何でもない。大正八年九月十二日に府から省へ認可申請を出したこと、大正九年二月五日付で認可されたこと、同二月十四日付で府から郡役所に書類送付することが記録されている。
なんで早稲田のだけ残されているか知らんが、府の書類管理の問題だろう。そもそも保存期間が経過した書類の処分なんて府の勝手だろうけどな。