>>351
自分はキュベ使いなのでソナーはどうだかしらんけど、
頭合わせってのはわかるよね。
例えばギターならパンチインアウトをしたりして細切れになってるトラックを、
曲の頭から終わりまで一本のwavファイルにすること。
具体的な操作方法はマニュアル見てくれ。

ステムミックスはわかると思うので省きます。

2ミックスを出力できるということは、
単純に一つのトラックだけを出力することはできますよね。
出力したいパート以外をミュートしておけばいいわけですから。ステムも同じです。
いちパートずつは最強にめんどくさいですが、DAWの操作に熟練していれば
簡単にそれを行う機能があるんじゃないかと（キュベにはあります）

DVDRに焼くのは、オーディオではなくデータでコピーするという意味です。
HDDは外付けのほうが色々ラクだと思います。