大学受験で指定校推薦狙ってるんだが
東京理科大学　工学部 工業化学科
中央大学　理工学部 応用化学科
学習院大学 理学部　化学科

この中だったらやはり断然に理科大か？

大学にいって東大もしくは東工大の大学院に進学し製薬会社に勤めたい
(あくまでも夢、理想なので自分の実力には触れないでくれ)
有機合成化学の専攻の研究室が東京理科大学の工業化学科にはない

有機合成化学専攻以外の有機系専攻の研究室に入ったとして
のちのち製薬関係の会社に就職は難しいのか？