大丈夫だから売ってるわけで
コーヒーと水の残留成分と空気中に漂う雑菌とカビなんかが付着する程度で、それらを熱消毒しつつ洗い流してるだけでしょ？
気になるなら手動で湯通し追加するなり、抽出ユニットの洗浄をまめにすれば良いんでない？