数式への期待や理想が高すぎるのではないですか。
当たり前のことをあえて述べますが、原理・原則の数式を完全に再現することはできません。
論文や教科書には理想状態とわざわざ書いてあるくらいですから。

現実世界が理想状態ではないのは明白ですから数式を信じないと言い切るのは乱暴なように感じます。
単純な数式ほど再現ができないでしょう。タグチメソッドでも何でもです。

ですが、数式があれば目安を立てることができますよね。
制御因子の候補や、誤差を物理量として捕らえれば何がどこに効きそうかの一つの手がかりになります。
数式の再現精度よりもそちらの方が重要と思います。

数式がお好きなのであれば、数式で表現しきれないものの本質は見えているのでしょう。
それが数式の矛盾であり「研究」でしょう。だからこそ、誤差を取り扱うことが気がかりなのですよね。

品質工学は「工学（技術）」なのですから数式の矛盾（原理原則そのもの）を論じるのは筋が違うと思うのです。
（研究は技術者がするべきものではないと思います。明確な矛盾がある原理原則を使って開発をしてはならないのでは？）

強引に品質工学を適用するのは変だと思いますが、それは品質工学が何にでも使えると錯覚させた人の問題かと。
タグチメソッドそのものを否定する類の問題では無いような気がしますけれども。

人（伝道者）の問題であり、手法の問題でないことは気づいていらっしゃるのではないですか。