その辺は宿の方針に従うしかない
基本は

1.立寄り入浴の料金を払って部屋には行かず風呂に入る
2.チェックイン可能な時間になったらチェックインの手続きをして部屋に行く

で問題ないと思う
立寄り入浴可能な時間とチェックイン可能な時間が隙間なく繋がっていればだけど

チェックイン前やチェックアウト後も入浴できるよと公式で言ってる宿もたまにあるので
そのつもりなら事前にチェックしておくと良い