旅客の車両航送に限定した話？
それとも貨車を含めた鉄道連絡線のはなし？

旅客ならトルコの西部のバン湖でイラン行きの急行列車がなぜか湖を連絡船で渡っている。
ここは嫌がらせで線路を作らないとしか思えないｗ

貨物なら国際航路が二つ抜けてる。
アフリカのビクトリア湖とアメリカのアラスカとカナダのバンクーバーを結ぶ航路がある。
いずれも車両航送船が就役している。
国内線ならアメリカのニューヨークで、まだ艀で湾内を横断させるサービスをしているんじゃないかな。
昔はサンフランシスコでもあったらしいが。