勘違いだったら申し訳ないが
マイナンバーカードを保険証登録しても窓口で保険証として出さなければ手数料取られないよね？
そもそもマイナンバーカードの保険証利用ができない医療機関がかなりあったはず
だから保険証登録してポイントだけもらって、保険証として使わなければ問題ないと思う