神社とお寺を分けないと「神様と仏様が喧嘩するのでは？」と不安になる人もいるようですが、今のように”お寺”と”神社”が明確に分かれてるのは明治時代以降の話。
明治時代までは、何百年もの間、神様も仏様も同じようにまつられていました（神仏習合）。その歴史を考えれば、必要以上に気にする必要はないと思います。
日蓮宗の寺のみ御朱題帳を用意すればよかろうもん