ADHD（注意欠陥・多動性障害）との関係
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インディゴチルドレンと言われる子供たちの多くは、注意欠陥・多動性障害と診断される。[13]

自閉症との関連
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インディゴチルドレンの派生的存在であるクリスタルチルドレンは、自閉症研究家のミッツィ・ウォルツによって、自閉症スペクトラム障害との関連を示されている。

精神衛生の専門家は、問題のある児童をインディゴと呼ぶことは、適切な診断と治療を遅らせ、子どもや両親に対するサポートを受けられなくなることを懸念している。[8][12][14]インディゴチルドレンの特徴は、単に不従順さと注意欠陥を散文的に翻案しただけだと言う人もいる。[13]