自分の使っているオクタの入力抜けの原因が分かりました
十字キーの上入力を削除し、L1の位置を上入力の仕様にしていました
どうやらL1の上入力直後は十字キーの他の入力と競合して入力抜けの原因になっていたみたいです
通常十字キー設定に戻したら入力抜けは無くなりました
この現象は無印ファイコマでも起きていたのでホリ特有の現象かもしれません